Музей "Зарайский Кремль" расположен на территории Кремля. Ранее -Зарайское духовное училище, ныне музей, - начальное церковное заведение, функционировало с 1812 до 1917 года. Основано на территории Зарайского кремля по инициативе архиепископа Рязанского в виде корпуса из пяти комнат. Изначально здание было деревянным, каменным стало в 1864 году. После революции 1917 года училище закрыли, а в здании сейчас расположен музей.
Одним из зданий гражданской постройки на территории Зарайского Кремля является двухэтажное кирпичное здание присутственных мест (бывшего городового магистрата). Строительство здания окончено в 1812 году. При строительстве мастера придерживались стиля русского классицизма - без лишних украшений, строгость геометрических форм.
После 1917 года здание присутственных мест использовалось для различных нужд музея, образованного на территории Кремля в 1918 году. С 1936 года в нем располагалась больница, во время Отечественной войны - военный госпиталь, в 1954-1985 годах располагалась общеобразовательная школа. Сейчас его занимает воскресная школа и Крестильный храм Святого Серафима Саровского. Здесь велесь раскопки стоянок древнего человека эпохи неолита.